โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชตำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี (อพ.สธ.) เป็นโครงการที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงสืบสานพระราชปณิธานในการอนุรักษ์ทรัพยากรของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ซึ่งทรงมีสายพระเนตรยาวไกลโดยที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงให้ความสำคัญและเห็นความสำคัญของการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ตัวอย่างที่เห็นได้ชัดดังในปี พ.ศ. 2503 ทรงอนุรักษ์ต้นยางนา ในปี พ.ศ.2504 ทรงให้นำพรรณไม้จากภูมิภาคต่าง ๆ มาปลูกไว้ในสวนจิตรลดา เพื่อเป็นแหล่งศึกษาและทรงมีโครงการพระราชดำริที่เกี่ยวกับการอนุรักษ์พัฒนาทรัพยากร พัฒนาแหล่งน้ำ การอนุรักษ์และพัฒนาดิน อนุรักษ์ทรัพยากรป่าไม้ เป็นการอนุรักษ์ และพัฒนาทรัพยากรธรรมชาติ ต่อมาในปี พ.ศ. 2535 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้ทรงสืบทอดพระราชปณิธานต่อโดยมีพระราชดำริกับนายแก้วขวัญ วัชโรทัย เลขาธิการพระราชวัง ให้ดำเนินการอนุรักษ์พืชพรรณของประเทศโดยพระราชทานให้โครงการส่วนพระองค์ฯ สวนจิตรลดา ฝ่ายวิชาการเป็นผู้ดำเนินการจัดตั้งธนาคารพืชพรรณขึ้น ในปี พ.ศ.2536-2549 โดยรับทุนสนับสนุนจากสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (กปร.) และเป็นหน่วยงานขึ้นตรงกับเลขาธิการพระราชวัง ตั้งแต่ปี พ.ศ.2539 และต่อมาในปีงบประมาณ พ.ศ. 2550 สำนักพระราชวังดำเนินการจัดสรรงบประมาณให้ และให้ อพ.สธ. ดำเนินการแยกส่วนอย่างชัดเจนจากโครงการ ส่วนพระองค์ฯ สวนจิตรลดา การดำเนินงาน อพ.สธ. ดำเนินงานโดยอยู่ภายใต้แผนแม่บทซึ่งเป็นระยะ ๆ ละ ห้าปีตั้งแต่ปี พ.ศ. 2535

          อพ.สธ.เป็นโครงการความมั่นคงด้านอาหาร หากเกิดวิกฤต ภัยพิบัติต่าง ๆ ยังมีเมล็ดพันธุกรรมพืช ที่เป็นพืชผัก พืชสมุนไพรสามารถใช้แก้ปัญหา และเป็นฐานในการพัฒนาปรับปรุงพื้นที่ต่อไปในอนาคต เมื่อกิจกรรมได้ดำเนินมาถึงการเก็บรักษาเมล็ดพันธุ์ โดยจัดเก็บไว้ในห้องเย็นที่ อพ.สธ.สวนจิตรลดา และศูนย์อนุรักษ์พันธุกรรมพืช อพ.สธ.คลองไผ่ จว.นครราชสีมา ซึ่งต้องใช้พลังงานไฟฟ้าจำนวนมากและตลอดเวลา นายแก้วขวัญ วัชโรทัย ผู้อำนวยการโครงการฯ (ขณะนั้น) และนายพรชัย จุฑามาศ รองผู้อำนวยการโครงการฯ มีความเห็นว่า ทอ. มีศักยภาพในเรื่องการเก็บรักษาเมล็ดพันธุ์พืช โดยสามารถจัดเก็บไว้ใต้ฐานพระมหาธาตุนภเมทนีดล นภพลภูมิสิริ ที่ดอยอินทนนท์ ซึ่งไม่ต้องใช้พลังงานไฟฟ้ามาก เนื่องจากมีอากาศเย็นโดยตลอด     จึงมอบหมายให้ กัปตัน ภูวดล จุฑามาศ เป็นผู้ประสานงานโครงการพระราชดำริฯ กับ ทอ. ซึ่ง ทอ. ได้รับพระราชานุญาติให้เข้าร่วมสนองพระราชดำริ โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เมื่อ 1 ต.ค.54 ซึ่งเป็นโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชฯ ในกรอบแผนแม่บทระยะ 5 ปีที่ห้า (1 ต.ค.54 ถึง 30 ก.ย.59) ในชื่อ อพ.สธ.-ทอ. และดำเนินการมาจนถึงปัจจุบัน